PMID- 18500348 OWN - NLM STAT- MEDLINE DCOM- 20080717 LR - 20211028 IS - 1548-7105 (Electronic) IS - 1548-7091 (Print) IS - 1548-7091 (Linking) VI - 5 IP - 7 DP - 2008 Jul TI - Efficient targeted transcript discovery via array-based normalization of RACE libraries. PG - 629-35 LID - 10.1038/nmeth.1216 [doi] AB - Rapid amplification of cDNA ends (RACE) is a widely used approach for transcript identification. Random clone selection from the RACE mixture, however, is an ineffective sampling strategy if the dynamic range of transcript abundances is large. To improve sampling efficiency of human transcripts, we hybridized the products of the RACE reaction onto tiling arrays and used the detected exons to delineate a series of reverse-transcriptase (RT)-PCRs, through which the original RACE transcript population was segregated into simpler transcript populations. We independently cloned the products and sequenced randomly selected clones. This approach, RACEarray, is superior to direct cloning and sequencing of RACE products because it specifically targets new transcripts and often results in overall normalization of transcript abundance. We show theoretically and experimentally that this strategy leads indeed to efficient sampling of new transcripts, and we investigated multiplexing the strategy by pooling RACE reactions from multiple interrogated loci before hybridization. FAU - Djebali, Sarah AU - Djebali S AD - Grup de Recerca en Informatica Biomedica, Institut Municipal d'Investigacio Medica/Universitat Pompeu Fabra, Dr. Aiguader 88, 08003 Barcelona, Spain. FAU - Kapranov, Philipp AU - Kapranov P FAU - Foissac, Sylvain AU - Foissac S FAU - Lagarde, Julien AU - Lagarde J FAU - Reymond, Alexandre AU - Reymond A FAU - Ucla, Catherine AU - Ucla C FAU - Wyss, Carine AU - Wyss C FAU - Drenkow, Jorg AU - Drenkow J FAU - Dumais, Erica AU - Dumais E FAU - Murray, Ryan R AU - Murray RR FAU - Lin, Chenwei AU - Lin C FAU - Szeto, David AU - Szeto D FAU - Denoeud, France AU - Denoeud F FAU - Calvo, Miquel AU - Calvo M FAU - Frankish, Adam AU - Frankish A FAU - Harrow, Jennifer AU - Harrow J FAU - Makrythanasis, Periklis AU - Makrythanasis P FAU - Vidal, Marc AU - Vidal M FAU - Salehi-Ashtiani, Kourosh AU - Salehi-Ashtiani K FAU - Antonarakis, Stylianos E AU - Antonarakis SE FAU - Gingeras, Thomas R AU - Gingeras TR FAU - Guigo, Roderic AU - Guigo R LA - eng SI - GENBANK/FE530175 SI - GENBANK/FE530176 SI - GENBANK/FE530177 SI - GENBANK/FE530178 SI - GENBANK/FE530179 SI - GENBANK/FE530180 SI - GENBANK/FE530181 SI - GENBANK/FE530182 SI - GENBANK/FE530183 SI - 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